Софии в игре «Atelier Sophie: Alchemist of the Mysterious Book» пытается разобраться с книгой под названием Плахта. Это манускрипт обладает старыми рецептами алхимии, утерянными в результате войн и сожжений ведьм. Однако книжечка оказалась наделенной магией, и потому она может превращаться в девочку. Приняв человеческий облик, фолиант повел свою хозяйку по новым местам, потому приключение будет занятным. Героиня желает обрести все знания из алхимии, чтобы помочь жителям своей деревни, а также другой информацией, позволяющей исцелять раны, однако для этого надо прогуляться.
В общем, книжечка может терять память со временем, если ею не пользуются, и поскольку она пролежала в пыли долго, то совсем забыла о своем вместилище. Теперь же Платха становится лучшей подругой Софии, потому что протагонистка обладает чистым добрым сердцем, и может помочь другим людям своими алхимическими опытами. Поскольку они будут проходить через опасные земли, то им на пути встретятся и разбойники, и монстры. Обитель чудовищ тревожить нельзя, и даже рядом проходить не стоит, так как эти твари хорошо чувствуют запах других людей. Однако раз уж довелось Софии пройти поблизости, то придется сражаться с чудищами.