Во второй игре под названием «Half Life 2» протагонист Фриман просыпается после двадцатилетнего стазиса благодаря G-Man. Этот неизвестный персонаж работает предположительно на транснациональные корпорации, которые стоят намного выше любого правительства страны благодаря своим связям, и сейчас единственный их интерес – защититься от вторжения, при этом сумев использовать технологии во благо цивилизации. Поэтому им нужен Гордон, который уже приезжает в новое место событий – Сити 17. Здесь орудуют толпы пришельцев, но главное – это то, что верховный правитель тоталитарного правительства и бывший руководитель Чёрной Мезы Бринн служит инопланетному Альянсу, который из-за смерти вожака Нихиланта решил посетить Землю.
Лучшая игра в стиле РПГ-шутере от первого лица Гордону приходится сотрудничать с дочерью одного из учёных, и вместе они будут преодолевать путь с Сити 17 до Антарктиды, где потерпел крушение важный для миссии спасения корабль. Они будут безуспешно искать способы уничтожения главного центра управления, но войска инопланетного военного альянса постоянно находятся на шаг впереди, что усложняет задачу для Фримана. Не опуская руки и учитывая свой предыдущий опыт, ему приходится пробираться обходными путями чтобы реализовать задуманное, и в итоге герои смогут взорвать всех представителей Альянса, и в этот момент время остановится. Спустя пару секунд в сознании протагониста появится G-Man, который похвалит своего подручного за хорошую работу и намекнёт, что ещё не всё кончено.