История в игре «Final Fantasy 5» завязана на Эксодусе – могущественном существе, чья форма напоминает дерево, в котором таится злая душа. Оно было запечатано много столетий при помощи кристаллов ветра. Тем самым данные артефакты приносили пользу королевству Тайкун, а также снабжали целые города энергией с помощью систем ветряков. Но ветер утих, и тогда король отправляется в хранилище, где находятся эти реликвии. Но Лена не может так долго ждать своего отца, и она ступает к нему, по пути находя новых друзей. Недавно метеорит упал в здешних просторах, и потому странник Бац захотел изучить это явление.
Там же оказался старик Галуф, являющийся пришельцем из параллельного мира, но не помнящий об этом – старость забирает магические силы на поддержание силы. Потом найдется его внучка Крил, которая после смерти деда получит его силы, и сразится с Эксодусом. Само же существо прорвало магические печати, и теперь намерено поглотить эти кристаллы, чтобы брести больше силы. Далее герои встречают призрака короля, который им рассказывает правду о хранилище, и потом они путешествуют в параллельный мир. Там ребята узнают, что Галуф владеет своим дворцом, а потом два измерения соединяются воедино, а сам антагонист становится частью Пустоты.