Протагонист уже обучился многим премудростям боевого мага в Академии, и теперь он выступает со своими новыми товарищами на войну. В игре «Operation Babel: New Tokyo Legacy» помимо правящей группировки, устроившей частично утопический строй, есть еще и другие представители знати, которые намерены поживиться властью. Они используют людей в своих особых экспериментах, превращая гражданских лиц в монстров, непобедимых тварей и вообще чудовищ потустороннего происхождения. Киберпанковская вселенная должна быть наполнена наукой и технологиями нор здесь они перемешаны с волшебством.
Именно поэтому врагам удается создавать действительно могущественных и грозных чудовищ, которые нападают на поселения, но к счастью колдунам Академии удалось отбросить их от мирных жителей. Теперь же приходится бродить по подземельям и пещерам, так как именно там находятся филиалы лабораторий противника. Победить эту группировку невозможно, но надо защитить хотя бы обычных людей от посягательств со стороны мутантов, и для этого пригодится любая помощь. Управляя своим отрядом, вы поведете юнцов и девиц к славе, или же погибнете внутри этих локаций.