Механические существа, созданные пришельцами при помощи вируса, начали нападать на людей. В игре «NieR:Automata - Day One Edition» человечество решило использовать андроидов – роботов, похожих на людей, дабы защититься от противника. Однако натиск инопланетян был слишком большим, так что пришлось жителям Земли улететь на Луну, чтобы сохранить свою популяцию. И уже несколько столетий продолжается война между двумя синтетическими расами, однако они еще не знают, что хозяева мертвы. И сами захватчики потеряли сове потомство, полностью исчезнув из этого мира, и человечество тоже подохло там, на естественном спутнике родной планеты.
В ходе прохождения протагонистка расследует ситуацию, так как она заподозрила неладное вокруг себя и своих сородичей. Андроиды вроде бы получают директивы, вот только их отдает искусственный интеллект, а не сами творцы. Так что героиня сможет разобраться в правде, и тогда сама война прекратится. К тому же часть механизмов инопланетян и андроидов начала уже торговлю, и даже поселения появились, что говорит о полном отсутствии желания продолжать бессмысленную бойню. Теперь же синтетические расы заключат мир, и начнут свою личную историю, которая будет написана на планете Земля, вот только до этого еще довести события надо.