Проблемы между летающим Коконом с его жителями и населением самой планеты пульс зашли слишком далеко. В игре «Final Fantasy XIII» механическое божество Бартанделус, представившийся как Дизли, управляет милитаризированной организацией Санктум. Эта политическая группировка получила власть после нападения служителей богов под названием лси на сам планетоид Кокон, ведь и у Пульса тоже есть свои боги. Некоторых людей избирают. Давая им метку на тело, и потому они могут использовать могущественную магию. Сера стала одной из этих жертв, ведь теперь её судьба предрешена. И она либо превратится в кристалл после завершения миссии, или же станет монстром.
В любом случае, Молния собирается спасти сестру, а еще есть Сноуг, влюбленный по уши в эту новую лси. Они организовали восстание против Санктума, и по мере прохождения своего жизненного пути узнали правду о механических тварях, сотворенных Создателем. Орфей, находясь в спячке, поддерживает планетоид в воздухе, и целью всех могущественных существ стало уничтожение обоих миров, дабы Создатель вернулся обратно. Ради этого они устроили игру, направив лси Пульса на Кокон, а потом захватив власть внутри этого небесного тела. Теперь же герои должны стать чудовищем Рагнареком при помощи магии и убить Орфея, чтобы обрушить свой дом на жителей нижней территории, и тем самым всех убив, но Молния со своими друзьями не собираются следовать предписанной судьбе.