Все тот же директор академии объявляет о выживании на острове, привезя сюда своих учеников. В игре «Danganronpa 2: Goodbye Despair» мир немного разрушен, и такое бывает с человеческой цивилизацией. Но вот одна старшеклассница сошла с ума, создала управляемого на расстоянии дрона под видом плюшевого мишки, а потом начал терроризировать школу своими правилами. Все ученики здесь должны убивать один другого, и это выживание заставит всех ощутить себя слабыми и беспомощными существами. По условиям, ради выхода с островов Бармаглот необходимо убить своих же одноклассников.
Но сделать это придется незаметно, будто настоящий ассасин, потому что директор проведет расследование. И если виновника найдут, тогда он тоже будет уничтожен, и так происходит постоянно. У детишек все-таки нет навыков киллера, так что они часто допускают ошибки, а потому умирают один за другим. К тому же, подобное психологическое напряжение заставляет нервничать постоянно, отчего у учеников случаются срывы. В общем, это уже не поездка на природу, а испытание, которые вынудит раскрыть истинную личину директора, так как сбежать отсюда все равно нельзя.