Игра «CrossCode» расскажет о Лее, которая принимала участие в прохождении ММОРПГ будущего. Используя специальные устройства погружения в альтернативную реальность, героиня создавала своего аватара, а потом отправлялась на поиски приключений. Таким образом, девочка просто застряла в другом измерении, а потом её персонаж был поврежден. То есть, симуляция вынуждает граждан присоединять свой мозг и нервную систему ко всей этой обстановке, и если навредить системными методами аватару, то это повлияет на самого человека. Таким образом, протагонистка лишилась части своих воспоминаний, и её придется вернуться в прохождение ММОРПГ.
Сложная судьба постигла новую молодежь, которая внедрилась в различные развлечения, а теперь не может возвратиться в реальность. Конечно, будет сложно девушке восстановить память, но она желает постичь все четыре стихии внутри данной симуляции. Так что Лея продолжает бродить по территориям, а также сражаться с другими геймерами, и все ради неизвестной цели. Магия привлекла молодых людей, и теперь они так сильно наслаждаются ею, что превратились в безвольных рабов, способных полностью подчиниться виртуальной симуляции. Лея не сможет вырваться из капкана судьбы, и её участь – быть рабыней этого ММОРПГ.