Макото оказался среди многих учеников, которым в игре «Danganronpa: Trigger Happy Havoc - Limited Edition» суждено страдать, убивая соседей по парте. Медвежонок Монокума собирается издеваться над детишками, которых поработил в академии. Все проснулись после снотворного с головной болью, и теперь испуганные стоят в спортзале. Они получают указания о том, как можно выжить внутри учебного заведения. И для того, чтобы сразиться с противником, использовать различные методы нападения нельзя, так как только скрытность поможет оставаться непричастным к чужой гибели, тем самым, освободившись из рабства.
Главный герой собирается выполнять указания врага, но только до тех пор, пока среди всех учеников не родится дух Сопротивления. Они же не настолько глупы и наивны, чтобы просто бороться со злом, выдавая собственные планы. Так что сговор внутри коллектива поможет всем им выжить, при этом, побеждая оппонента, который так сильно хочет издеваться над тинейджэрами. Они готовы принять во внимание все аспекты деятельности Монокумы, дабы просчитать ходы противника наперед. Но обнаружить каждую камеру в академии сложно, а потому интуитивное совместное действие является единственным козырем для всех персонажей.