Ученик великого мастера средневековья Леонардо да Винчи в игре «The House of Da Vinci» готов к тому, чтобы искать своего наставника. Протагонист пришел сюда юнцом, получил множество знаний, а потом и вовсе решил переступить через запреты и посмотреть, что же за тайные изобретения хранятся в глубине мастерской. Таким образом, главный герой залез не в свои дела, но через некоторое время не смог найти мастера. Леонардо отлучился без записки, и его уже нет несколько дней. Понимая, что на гения могли напасть, или даже похитить, парнишка собирается искать его, но не понимает, где находятся зацепки.
Ненависть к науке существует в сердце каждого религиозного деятеля, потому что всего лишь необходимо согласиться с правдой. Да только вам стоит осуществить все свои планы до того, как учитель выгонит из обучения. А тут и сам да Винчи пропадает, и его надо найти. Вы способны напасть на след преступления, или даже обнаружить врагов, скрывающих свои лица днем. Они также могут принадлежать к тайным сектам, ведь за этим умельцем механики следят многие хитрые личности. В общем, тяжело жить человеку, который получил от природы интеллект, и лишь ученик сможет спасти своего наставника.