«Черепашки-Ниндзя» игра про приключения Сплинтера – крысы со знанием ниндзюцу, и его подопечных, которые сумели изучить боевое искусство. Все началось с переработки отходов, которая запрещена в городе, нор чтобы скрыть происходящее, предприятия слили все в канализацию. А потом туда выбросили четырех живых черепах, и они мутировали. Тогда появляется крыса, которая начинает о них заботиться, и к своему совершеннолетию ребята уже изучили мастерство кунг-фу и других единоборств просто от нечего делать. Они любят пиццу и едят её постоянно, при этом сражаются иногда с бандитами.
Но в их жизни появляется Эйприл – репортер с Шестого канала, которая сразу заворожила всех героев. Теперь же ребята готовы пойти на смерть ради этой девчонки, и тут появляется злой антагонист, имя которому Шредер. У него есть армия мутантов, которые выглядят как антропоморфные животные, и они дебоширят на улицах города. Лишь умение и хватка может одолеть этих ненасытных жадных и тщеславных тварей, которые принимают людей за отбросов из-за их физической слабости перед монстрами. И для этого вам надо управлять своими протагонистами, чтобы вовремя наносить удары противнику и дойти до финального босса.