В игре «Assassin's Creed: Brotherhood» вы станете управлять персонажем по имени Эцио, который уже достиг авторитета и мастерства в обращении с оружием. Он общался со своим дядей, но тут пришел враг и вместе со своей армадой разрушил большую часть города, а потом расчленил родственника. Главный герой не просто огорчился, он обезумел, потому что у него на глазах его родственника убили, и теперь он хочет собрать подполье Рима, чтобы выступить против завоевателей, которые разрушили его жизнь. Психика протагониста подверглась серьезному воздействию, и потому он резко овладел крутыми приемами.
Заплатив болью за свои способности, герой решат наладить связи с куртизанками и другими подпольными структурами, чтобы полностью восстановить орден. Жители Рима страдает от вторжения, и им может помочь лишь орден убийц, что немного странно. Но Эцио понимает, что сейчас никто кроме него не может повлиять на ход политических событий, а если не вешаться, то действующая власть падет перед натиском завоевателей. Так что приходится и самому бегать по Риму и убивать врагов, и при этом формировать серьезную организацию, способную на уровне теневых операций противостоять продвижению армии врага по городу.