Игра «Мадагаскар» рассказывает о нескольких животных, которые жили в Нью-Йорке. Они находились в зоопарке, и за время пребывания сильно подружились, однако их мучили мысли о свободе. И тут недавно решили пингвины, которые сильно напоминают собранных солдат, устроить побег, и вместе с ними отправились в приключения и главные герои. Вы будете управлять разными персонажами, в том числе львом и зеброй, которые на острове ничего не знают о местной фауне. Началось все с побега Марти, а за ним ринулись на поиски остальные друзья, и вот тут пингвины взяли в руки ситуацию.
Местные охотники на животных быстро переловили всех зверей в мегаполисе и решили отправить их в другой город на корабле, запихнув предварительно персонажей в ящик. Тогда отряд пингвинов берет корабль под свое управление, а ящики падают в океан и доплывают до Мадагаскара. А теперь льву предстоит найти своих родственников, которым надо доказать свое право зваться королем зверей. В это же время зебра познакомиться с новыми друзьями, и остальные персонажи тоже постараются получше изучить остров, который, скорее всего, станет их настоящим домом, ведь именно этого они и хотели – свободы.