В игре «Half-Life 2: Episode One» продолжается история Гордона Фримена – человека, спасшегося от нападения инопланетного вторжения в комплексе Черная Меза. Теперь же весь Сити 17 находится под угрозой тотального уничтожения, и все это благодаря Альянсу, из-за которого ядро дестабилизировалось, и скоро все исчезнет. Сопротивление приказывает Алекс и Фримену вернуться обратно в город, чтобы стабилизировать ядро и тем самым исключить саму возможность взрыва, поэтому они пошли обратно. Как будто им приятно это делать – лезть в эпицентр угрозы термического воздействия только по приказу какого-то лидера из жалкого сопротивления, неспособного дарить отпор Альянсу.
Но они послушались, пришли и все исправили, и в этот момент советник Альянса обратил внимание на Гордона, потому что уж слишком часто этот человек мешает планам фракции. Также после разборок с ядром вам необходимо убраться подальше из города, но по пути вы увидите толпу пришельцев и людей с промытыми мозгами, которые нападают на все живое и пытаются это уничтожить. Неприятное зрелище, однако вернуть этих бедняг не получится при всем желании, потому что изменения в их телах необратимы. Город превратился в место войны и разрушения, и Фримену остается покинуть его, чтобы идти дальше и сражаться за свободу человечества.