Игра «Bully: Scholarship Edition» рассказывает про паренька по имени Джимми, который был исключен из нескольких учебных заведений, а потом попал в Академию, находящуюся в городе Булворт. Здесь сюжет сосредоточен вокруг противостояния между протагонистом и Гэри Смитом, который пытается взять под контроль всю школу. Однако в его плане есть одна проблема – появился волевой парень, который может изменить ход ситуации. В общем, сюжет создан на основе многих произведений, где в случае начала захвата территории появляется противовес, словно подосланный самой судьбой. При этом сам герой не понимает мотивов проблем, а потому просто живет в качестве хулигана.
Его проблемы начинаются тогда, когда он впервые сталкивается с Гэри и мешает ему. Вот тогда шесть группировок, среди которых Хулиганы, Ботаны, Качки, Мажоры, Понтовые и группировка исключенных Городские обращают внимание на мальчишку. Вся беда заключается в том, что они поддаются животным инстинктам из-за полового созревания, поэтому вопросы власти и преобладания над другими для них важны. И если одиночка Джимми ведет себя нейтрально по отношению ко всем, то вот остальные пытаются делать свои дела. Хулиганы обижают Ботанов, те отвечают им своими приспособлениями. А потом начинается мини-политическая игра Гэри, который хочет взять под контроль Академию.