«Alice: Madness Returns» - это не просто продолжение истории про Алису, а полноценная игра с развязкой всего сюжета, повествующего про трагическую смерть её семьи. На самом деле зря девчонка корила себя в смерти родителей, потому что она не виновата. Был человек – доктор Ангус Бамби, который помимо лечения пациентов занимался перепрошивкой памяти и сознания у детей, обладавших несформированной психикой. Таким образом, этот человек связан с проституцией, и детей в Лондоне он готовил именно к этой работе, при этом выбирая только самых красивых, чтобы гонорары ему были побольше.
Сестру героини он тоже изнасиловал, но потом пришлось девчонку убить, а заодно и весь дом сжечь. Так что именно он виновен во всех проблемах, и протагонистка узнает об этом благодаря Стране Чудес, в которой появляется Адский поезд. Периодически проваливаясь в это измерение, она смогла расследовать ситуацию, пообщавшись с поверженной Червонной Королевой и другими персонажами. А в реальности все закончилось тем, что Ангус был сброшен ею под поезд. Много бед пришлось пережить девочке, и адвокат семьи её кинул на наследство, воспользовавшись безумием Алисы, но теперь месть свершилась.