События в игре «Лего Batman 3: Покидая Готэм» становятся действительно фантастическими – Брэйниак решил уменьшить планету и добавить в свою коллекцию. Этот андроид совсем от рук отбился, а потому надо им заняться всерьез, что и решил сделать Брюс. К тому же ему будут помогать герои из разных лагерей Фонарей, там же будут и другие протагонисты вроде Лиги Справедливости. Таким образом, герой вынужден сражаться с новым сплоченным отрядом злодеев, которые связались с врагами Земли в космосе, и в итоге это оборачивается в крутой экшен. Лекс Лютор все так же стремится поставить мир на колени.
Поэтому он баллотируется в президенты и достигает своей цели, однако и тут протагонисты вмешиваются в ход событий, потому что тогда законодательные органы будут подчиняться рекомендациям нового правителя. Также решено избавиться от многих персонажей, мешавших жить людям однако в итоге их заключили в тюрьму. Сложности с прохождением миссий возникают лишь потому, что противников действительно слишком много, а потому шквал сверхсильных атак может настигнуть в любую минуту. Но герои тоже способны на подвиги. Поэтому они справляются с проблемами, возвращая своей планете нормальные размеры.