В конце 15 века протагонист по имени Джон был незаконно и несправедливо обвинен в колдовстве, за что его приговаривают к казни. Игра «Yesterday Origins» позволяет вам пройти трудный путь этого юнца, который после алхимического обряда обрел бессмертие, и стал взрослым человеком. Спустя 5000 лет он продолжает жить, и на этот раз охотится за одним древним артефактом, открывающим путь в неизведанные миры. Проблема заключается лишь в том, что неизвестна природа происхождения этой реликвии, к тому же измерений много по соседству с нашей вселенной, так что непонятно, какие именно врата будут открыты.
Поэтому применение этого артефакта грозит опасностью для человечества, и возможно, не только этой планеты. Пытаясь отыскать предмет, Джон знакомится с Полин, и вместе они продолжают свои усиленные поиски, которые приводят их к разным персонажам. К тому же, локации здесь выполнены в духе средневекового мистицизма, и похоже, что ребята реально имеют дело с сатанистами. Надеясь на быстрое разрешение проблемы, они и не предполагают, что столкнуться с ужасными монстрами, которые должны быть уничтожены, чтобы сохранить целостность структуры мироздания, а иначе все будет исчезать, разрушаться и гнить.