Космический корабль в игре «Syndrome» больше не принадлежит своим хозяевам, потому что теперь на палубах бегают мутанты, похожие на роботов, но на самом деле являющиеся людьми. Согласно официальной версии, на борт был взят артефакт от умершей расы, который и повлиял на многих членов экипажа, а вот те, кто сохранил свое естественно – стали едой для мутировавших тварей. Без сомнений, эта реликвия является оружием массового уничтожения, создающая из одних биологических существ низшей стадии эволюции чудовищ, и заставляющая их пожирать своих собратьев. При этом, монстры распознают один другого, и не нападают на свою группу, что говорит о четком контроле разума.
Так что протагонист столкнется с последствиями чужой войны, и решение руководства забрать артефакт для дальнейшего изучения обернулось катастрофой. Вы будете отлаживать сломанные части корабля, чтобы он продолжал двигаться, ведь кислорода и еды на целую вечность не хватит. Зато герою выдастся шанс использовать оружие, чтобы уничтожить врагов, потому что арсенал давно стоит нетронутый, а хотелось пострелять из этих пушек. Пока протагонист получает удовольствие от истребления нечисти, его соратники, сумевшие выжить и скрыться в отдаленных отсеках, стараются контролировать его действия, советуя, куда надо идти, и что делать.