«Eisenhorn: XENOS» - игра про историю инквизитора, который попал в круговорот политических событий. Его власть огромна, но недостаточно велика, чтобы очистить весь мир от врагов вроде орков или скверны демонов. Однако он использует все свои силы, чтобы сражаться с противниками, потому что такова его воля. Именно способности этого героя позволяют ему выживать в самых трудных местах, когда уже нет надежды на спасение. Жизнь для него существует рядом со смертью, и при этом он пытается осознать, что же происходит в мире на самом деле. Протагонист понимает, что власти скрывают много тайн.
Но лезть в эти темные дебри нет смысла, поскольку он погибнет, превысив свои полномочия. Остается лишь выполнять рутинную работу, убивая разных врагов. И это позволяет ему сохранять спокойствие. Ведь, несмотря на все запреты и невозможность попасть в тайные места библиотек, он все равно избавляет мир от зла. Космические враги пытаются напасть на Империю, чтобы ослабить её, и поработить. И на таких простых воинах, как инквизитор Эйзенхорн, держится жизнь каждого простого гражданина. Надежда на спасение все время угасает, и только видение мира и способность прозревать возможные шаги противника позволяют протагонисту сражаться дальше.