Игра «Милая, милая Молли» рассказывает про девчонку, которая мучится от кошмаров, и не может избавиться от них, потому что потеряла родную мать в раннем детстве. Теперь же её жизнь превращается в кошмар, ведь она не способна сражаться со своим рассудком, который дает сбои периодически. Простые, но в то же время взрослые истины постигают её разум слишком быстро. Не давая времени на размышления, и все это создает целый мир ужасов внутри девушки, так что её безумие может прийти очень скоро. И ради обеспечения собственной безопасности она должна хотя бы переехать, а иначе умрет от передоза наркотиками, или просто повесится.
Протагонистка может отбросить все страхи перед прошлым, и разобраться внутри своей самой глубокой памяти, чтобы припомнить события трагического дня, когда мать погибла. Возможно, это был нечастный случай, но героиня не может перестать корить себя за то, что не уберегла свою родную маму. Так что, либо она берет себя в руки, и разбирается со всеми ужасами, снящимися ей по ночам, или просто сходит с ума в больнице закрытого типа для душевнобольных. Ради собственного будущего она вынуждена бороться, и это моральное давление может раздавить её напрочь, не оставив и шанса на выживание.