Героиней игры «Portal Stories: Mel» становится девушка по имени Мел, которая была олимпийской чемпионкой. И по предложению главы корпорации Aperture Science решила принять участие в тесте комнаты отдыха, позволяющей экономить время сна. Таким образом, девица и не подозревала, что попадет в жуткую ловушку, связанную с уничтожением ГЛАДОС, ведь из-за этой аварии погибли все сотрудники, а также заморозились системы всей лаборатории. Разбудил протагонистку Верджил – искусственный интеллект, который и сам оказался на свалке, а ради собственного спасения он даже копировал голос директора корпорации.
Когда уже Мел выбралась из своей камеры, ИИ объяснил ей ситуацию, и девушка с ужасом осознала, что несколько десятилетий проспала внутри этого комплекса. Теперь же ей необходимо срочно освободиться, но для того, чтобы покинуть помещение, придется искать планы здания. Именно Верджил знает устройство запутанных лабораторий, которые к тому же и разрушены, поэтому он предлагает спортсменке взять в руки портальную пушку, и спасти его, дабы потом выбраться на волю. Но в этот момент просыпается от анабиоза Система Безопасности. Она старается уничтожить выжившую ГЛАДОС, и заодно убить Мел и её нового друга.