История игры «Call of Duty: Modern Warfare 2» разворачивается вокруг той же самой темы – плохих ультра националистически настроенных русских Пусть в прошлой части Захаев был убит, на этот раз на сцену выходит Владимир Макаров – тихоня, который притаился в террористических кругах СНГ, а сам ждал нужного момента, чтобы взять власть в руки к себе. Это он взорвал ядерную боеголовку в Ираке, уничтожив всех с помощью звонка с мобильника. Теперь же после победы в гражданской войне националистов, Макарову вновь пришлось уйти в подполье, так как места у кормушки ему не нашлось. Это было на руку террористу, ведь недавно был сбит противоракетный спутник НАТО, и русские взломали его.
Используя в шутере от первого лица данную информацию и вспомнив о том, что НАТО старается уничтожить Макарова, антагонист создаёт интригу, развязывающую Третью мировую войну – он устраивает теракт с расстрелом мирных граждан в аэропорту Москвы. Причина его поступка – недавно внедрённый агент ЦРУ Алекс, которого Владимир решил оставить в качестве подарка для ФСБ. Таким образом, русские находят агента ЦРУ и расценивает теракт как нападение США, и используя изученный противоракетный шпионский спутник российская армия вторгается в США. Вы же будете отыгрывать судьбы трёх персонажей и познакомитесь с ещё одной тёмной лошадкой – генералом Шепардом, который ведёт свою игру в этой войне протии всех.