Вы в игре «Проект воспитания Синдзи» будете контролировать жизнь протагониста Евангелиона, который тоже примет участие в разрушении атаки ангелов, да и вообще постарается смешать карты этим врагам. В общем, парнишка должен многому научиться, чтобы побеждать своих оппонентов, и при этом оставаться при своих ведь его корабль разорвут на клочья, и ничего живого на протагонисте не оставят, если станет плохо и невнимательно летать. Человечество пытается противостоять угрозе, ну а сюжет Евангелиона при всем своем безумии и великолепии вы можете узнать отдельно.
Синдзи парнишка простой, и ему тоже нравятся девочки, которые вокруг бродят, особенно такие гимнастки, способные защищать родину от нападения врага. Однако он осознает всю важность тренировок и учебы, потому что мир меняется, а вместе с ним человеческая раса, представляющая собой большую биологическую массу без вшитой брони. Может тупо помереть. И воздух нужен хороший, и радиация не подходит, и еда востребована нормальная – вот сколько потребностей есть у людского рода, так что без всех условий цивилизация падет, и надо защищать её, а то и Синдзи умрет, а для этого знания и навыки нужны.