Протагонист, живя под землей, становится свидетелем разворачивающегося конфликта между двумя группировками выживших. Игра «Underrail» позволяет увидеть будущее, в котором человечество не сможет больше дышать воздухом, находящимся в атмосфере. Ради выживания они быстро перелезли в коллекторы метрополитена, где работает особенная военная вентиляция на случай заражения внешней среды. Так что теперь большое количество граждан ведут иной образ жизни, пытаясь выращивать еду, ли даже очищать воду. У них нет никаких предрассудков, или даже стремлений, однако они переполнены ненависть ко всему.
Естественно, в такой обстановке найдется причина, порождающая конфликт, и теперь две могущественные фракции решили столкнуться лбами в стенах метрополитена. Много людей погибнет в такой войне, а ведь они должны стараться выжить вместе. Протагонист тоже замешан во вражду между своими сородичами по биологическому виду, и принадлежность к Homo Sapiens не дает ему возможностей взаимодействовать с другими индивидуумами так, чтобы отговорить их от пальбы. Вам надо занять свою позицию, и попытаться исправить все, или же просто наблюдать за тем, как две группировки будут уничтожать одна другую.