Игра «Ayanami Raising Project» создана с целью предоставления возможности геймерам воспитывать одного из самых популярных персонажей Евангелиона. Используя интерфейс, вы будете гулять с этой девочкой, так как Рей – всего лишь 14-летняя девчонка, а уже должна управлять боевым роботом. Механизмы разработаны с целью выдерживать атаки вездесущих, но крайне таинственных существ под кодовым названием «Ангелы». Эти твари напали на планету, и чтобы их уничтожить, была проведена капитальная работа по исследованиям, дабы разработать уникальные экзоскелеты.
Вот только пришлось сотворить настоящих роботов – больших и сильных, а управлять ими могут дети, и то – не все. Эта проблема в скором времени была решена повальной проверкой всех детишек на территории Японии, после чего отобранные кандидаты проявили себя в боевых испытаниях. Именно Аянами была первым ребенком, которому повезло стать отличным пилотом. Военные действия полностью отобрали у протагонистки душу, и вы увидите, как она вливалась в коллектив, превращаясь из гражданского лица в военного эксперта по уничтожению «Ангелов», напавших на её родину, и убивших половину населения страны за одну атаку.