Концепция игры «The Shadows of Pygmalion» заключается на использовании сложной наполовину мистической философии о том, что история человечества генерируется под руководством неизвестной силы. Существуют марионетки, которые полностью подчинены власти потусторонних существ, и данные создания влияют на события, определяя судьбу каждого гражданина. Девушка, учащаяся в старших классах японской школы, не могла не встретить одну из таких девиц. Увидев, что души внутри тела нет, так как это чувствуется на уровне интуиции, героиня поняла, что её ждет незабываемое приключение с оружием и опасностью.
Конечно, нормальный человек не станет вовлекаться в подобные страсти, потому что рассудок не может выдержать тонны информации касательно мистики. Но Хадзиро Мина отличается от остальных людей тем, что её мозг никогда не был загружен реальностью, и даже уроки она не учила толком. В общем, появляются еще две героини, которые подружатся с девушкой, и вместе они будут познавать неведомый мир, скрытый за уникальной магической завесой со времен начала существования человеческой цивилизации. И вряд ли это будет легко – протагонистка неспособна все понимать сразу. Ведь борьба со злом или взаимодействие с Третьей Силой – это не шутки.