Капитан Шепард в игре «Mass Effect» должен служить Альянсу и сражаться с гетами, которыми стал управлять один из СПЕКТРов из совета Цитадели. Эти агенты являются лучшими в плане военного дела и обладают уникальными знаниями благодаря доступу в скрытые архивы. Сарен Артериус предал Совет и стал управлять синтетической расой в своих целях. А крутится все это вокруг артефактов протеан, которые вымерли 50 000 лет тому назад. За этим артефактом и был послан Шепард, но он подвергся нападению гетов, которым не удалось убить героя. По прибытию в Цитадель его назначают новым СПЕКТРом.
Впервые человеческая раса удостоилась такой чести в совете рас галактики, и теперь герою предстоит сражаться с синтетической расой, которая агрессивно нападает на разные колонии. В результате расследования выяснилось, что Сарен окончательно спятил, поскольку решил вернуть в галактику расу Жнецов – могущественных существ, которые периодически ликвидируют жизнь в Млечном пути. Капитан Нормандии отправляется на поиски бывшего агента Цитадели, чтобы остановить его, а также выяснить, как ему удалось заключить договор с гетами. Кроме того, артефакт протеан представил герою видение конца света, но он в нём пока не разобрался.