Алекс был хорошим парнем, пока не связался в игре «Prototype» с группой ученых во главе с корпорацией. Эти люди постарались создать уникальный вирус, который поглощает тело носителя и овладевает им. Зачем-то – толи по глупости, толи по наивности, герой решает дать огласку проекту и разбивает ампулу, отчего сам заражается. В итоге он падает замертво, а ученые просто забирают его, чтобы разделать и посмотреть, как генетически модифицированный белок повлиял на организм. И когда они уже направили пилы на него, то тот проснулся и убежал.
Ученые просто обалдели от увиденного, потому что оживление Мерсера означало, что проект удался. Только это также ознаменовало апокалипсис, который ныне творится на Манхеттене. Теперь район объявлен карантинной зоной, и выбраться оттуда невозможно из-за артобстрела. Народ гибнет тысячами, а Алекс пытается восстановить свою память, поглощая ключевых персонажей, в которых находятся воспоминания о произошедшем. Через сеть нейронов он восстанавливает по кусочкам события, и вы также можете узнать в деталях, что тогда случилось. Параллельно он вынужден сражаться с монстрами, порожденными другим штаммом.