Игра «Metal Unit» расскажет про героиню с именем Джоанна, которая одевает костюм М-Юнит для сражений с врагами. Её родная сестра по неизвестной причине решила прибегнуть к предательству, отступив от устава Родины и поставив суверенитет планеты под вопрос. Конечно, пережить подобное горе протагонистке помогло только время, которое медленно залечивало рану. Боль утраты близкого человека утихала, а решимость убить собственную сестренку возрастала, но надо разобраться в причинах её поступка. А потому вы по мере прохождения локаций на поверхности продвинетесь и по сюжету, где постепенно раскрываются детали происходящего с забросом на будущие интриги сценария.
Под землей обитают древнейшие существа, которых человечество просто нарекло монстрами. А вот с неба прилетели пришельцы, и за них стала воевать ещё и сестрица героини. Да, вы можете в свободном режиме выбирать локацию для сражений. Но если поверхность предназначена для сюжетных поворотов, то подземные места определены как сокровищницы с лутом. А потому ради новых модулей костюма или же оружия вы будете спускаться и к планетарным тварям, которые по неизвестной причине очнулись как раз во время появления инопланетян. И да, не надейтесь, что получится мирно остановить сестрёнку, так как она сама готова к смертельной схватке с Джоанной.