Инопланетяне 20 лет назад прилетели на Землю и стали воевать с человечеством за право быть здесь. В игре «XCOM 2» события происходят в тот момент, когда люди уже проиграли войну и теперь сидят со сложенными руками, потому что не знают, что делать. Пришельцы начали экспериментировать над телами еще живых людей, но никто об этом не думает, потому что все боятся. Главные герои решили воссоздать организацию с нуля, которая ранее занималась борьбой с инопланетными захватчиками. И захватив корабль пришельцев, они создали свою мобильную базу, на которой занимаются изучением разных технологий, придуманных противником.
Это помогает им создавать новые виды вооружения, а изучение павших противников раскрывает их биологические особенности. Однако теперь весь геймплей построен на скрытности, потому что у вас нет больше армии и других ресурсов, к тому же постоянные патрули врага могут обнаружить парней в любой момент. Доступны особые имплантанты, которые предполагают отнятие естественных конечностей у солдата и прикрепление к нему кибернетических рук и ног, чтобы получить большие способности и дать ему возможность управлять особым оборудованием. Такие жертвы необходимы ради спасения человечества.