В игре «Command & Conquer: Red Alert 3» имеют огромный вес только три фракции, созданные по мотивам оригинальных стран из нашего мира. В этой альтернативной реальности Япония стала Империей, Альянс – это союз между США и Европой, а СССР продолжает существовать и не разваливается. Таким образом, началась война за ресурсы, потому что каждая из больших стран пытается развить свою инфраструктуру, дабы выйти на мировой рынок победителем во всех возможных производимых товарах. Однако никому не хватает толком ресурсов, и потому в воздухе повис запах вражды, который в один момент перерос в настоящую бойню, коей и стала Третья мировая война.
В зависимости от выбранной фракции история будет развиваться по-разному, и помимо самих боевых действий вы обнаружите, что многие люди, занимающие руководящие должности, готовы пойти на предательство и убить вас, чтобы решить свои личные проблемы и возглавить армию. Однако используя хитрость, можно спокойно обойти эти ситуации и продолжить управление армией и контратакой. СССР пытается освободить Москву, чтобы потом нанести удар по Нью-Йорку и тем самым прекратить войну, поставив на месте статуи свободы своего Ленина. Япония же намерена одолеть обе страны, но силенок не хватает для этого.