Игра «Deponia Doomsday» продолжает трилогию про изобретателя Руфуса, который пытался долететь до орбитальной станции, чтобы попасть на Элизиум и забыть про жизнь на Депонии. Однако в третьей части он погиб, и тут появляется персонаж по имени Макхроникл. Это очень неуверенный в себе человек, путешествующий по потокам времени благодаря своим устройствам. Он нарушает поток событий и тем самым изменяет историю, заставляя Руфуса снова появиться. Теперь же оба героя понимают, что надо исправить ситуацию, но, к сожалению, путешественник идет на поводу у изобретателя, который всегда отличался эгоизмом и навязчивой идеей полета к Элизиуму.
И вот в итоге ничего не исправлено, а даже наоборот много разрушенных событий создают свои последствия, которые приведут к уничтожению обеих локаций – и Депонии, и орбитальной станции. Поэтому ребята решают пожертвовать своими прерогативами, чтобы, в конце концов, добиться появления нормального течения времени. Макхроникл вскоре осознает, что Руфус на самом деле пытается его использовать с тем, чтобы изобретатель попал на Элизиум и остался там жить. Именно поэтому невозможно исправить ситуацию, а каждое решение ведет к парадоксу.