Игра «Врата Штейна» полностью повторяет сюжет одноименного аниме, в котором герой открывает возможности телефона и микроволновки. Оказалось, что можно переселять свое сознание в прошлого себя, чтобы изменить будущее, но при этом парень часто получал в итоге своих действий гибель друзей. В общем, тут интересная сюжетная линия, которая повествует о прибытии агентов CERN, пытающихся совладать с черными дырами, и проводящими экспериментов по отправке живых людей в прошлое. В результате их опытов много человек погибло, став просо слизью из-за попадания внутрь временной воронки.
Так что взять под контроль само время невозможно, однако при этом человечество продолжает попытки совершить это чудо, чтобы потом перекроить историю. Вы просто должны следовать сюжету, чтобы победить всех врагов, и помните, что от одной ошибки могут погибнуть ваши товарищи, а боль утраты способна свести с ума любого человека. Таким образом. Герой просто попадает внутрь воронки этих событий, где появляется новая рыжеволосая подруга, или приходят наемники CERN и всех расстреливают, чтобы забрать себе аппаратуру протагониста, и проводить эксперименты дальше без вмешательства гражданских лиц.