Игра «Muv-Luv Alternative» любезно повествует про протагониста, которому дали второй шанс, чтобы он исправил развитие событий на планете. Внеземная раса Бета напала на человечество тогда, когда началась операция по посадке на Луну. С тех пор прошло много лет, и население Евразии практически было уничтожено, хотя СССР выстоял в воне. Теперь Япония, США и Советский Союз готовят своих юношей и девиц для того, чтобы они управляли роботами, позволяющими выдерживать атаки пришельцев, и при этом наносить им существенный урон. Вот только когда инопланетяне бьют со своего особенного оружия, то пилотам остается на жизнь всего лишь 8 минут.
Это вызвано перегрузкой, а поскольку тело персонажей напрямую подсоединяется к координационным системам робота, то ребята страдают от такого энергетического урона. Так что героя отправили назад во времени, дабы он нашел способ предупредить людскую расу. Ошибки, допущенные во время вторжения чужеродной расы, теперь должны быть учтены, и тогда цивилизация сможет выжить под гнетом нового врага, обладающего невероятными технологичными разработками. Людям даже в голову не приходило, что они могут стать мишенью для атаки после посещения луны. Но теперь уже поздно думать об этом, хотя протагонист может все исправить.