Есть школа, в которой учатся пять девок, и все они находятся в собственных мирах с сожалением и другими странными мыслями. В игре «The Fruit of Grisaia» рассказано о том, что каждая из них пожила маловато лет в этом мире, но уже мучается от сложных философских вопросов, к тому же они немного прошли через огонь и пыл обыденного существования. В любом случае, девочки винят себя в ерунде, к которой фактически непричастны, чем показывают, что не являются животными или обезьянами по сравнению с остальным миром. Так что здесь надо будет разбираться с каждой по отдельности, что приведет к массовому фурору.
Протагонист по имени Казами пришел учиться в этот женский клуб закрытой школы потому что тоже переполнен сожалениями, так как не спас одного знакомого человека, упустил другого юношу, и в общем просто закидал себя обвинениями. Получается, что он такой же больной подросток, как и все здесь присутствующие, поэтому ему стоит познакомиться поближе с девушками. И когда начинается общение, то невольно между всеми шестью персонажами появляются связи, провоцирующие интересные, а порой и пикантные ситуации. Ведь они начинают осознавать, что продолжают жить, и бесцельно проводят время внутри своих выдуманных миров.