Весь город в игре «Cross Channel» оказался пустым – ни людей, ни бактерий, и живые существа, обладающие способностью к передвижению, просто пропали. Девочка по имени Нанака попадается иногда протагонисту, однако он не может уследить за ней, и все время теряет её. Когда герою Куросу Тайти пришлось пережить в детстве серьезную психологическую травму, он и не думал о том, что появится специальные тест государства на совместимость с социумом. Для тех, кто не может найти общий язык с людьми, создана специальная академия ультрамарин, позволяющая изолировать неблагополучных в психическом плане детишек от остального сообщества.
Эта идея пришла в голову министру социальной политики для того, чтобы сделать общественность более стабильной в моральном плане. А значит, надо изолировать поврежденные умы от здоровых, чтобы не заражать других граждан скорбью и бессмыслием существования. Так что теперь протагонист учится в этой школе, и его заставили пойти в радиоклуб, где есть еще 7 человек. Начались ссоры, парнишка постарался всех помирить, и даже ради этой цели вытянул ребят на природу, однако они только усугубили свои отношения. Когда герои вернулись, то не обнаружили никого, и теперь начинается таинственное приключение.