История игры «Battlefield 3» разворачивается вокруг современных боевых действий в Ираке под предводительством США, и геймерам предоставляется возможность влиться в эту эпопею, чтобы понаблюдать за происходящим и поучаствовать в американской пропаганде демократии. Однако, на этот раз сценаристы лихо всё закрутили. Всё начинается с того, что протагонист находится на допросе ЦРУ, где рассказывает о Соломоне – предводителе иранских боевиков, который купил у российского торговца оружием три ядерные боеголовки. Соломон поддерживает иранских боевиков во главе с Фаруком Аль-Баширом, и это оружие должно было стать их гарантией безопасности.
В шутере от первого лица Фарук вместе со своими боевиками захватывает власть в регионе Ирака и Ирана, чем перекрывает возможность американцам качать нефть. А в это время опасаясь возможных инцидентов, Россия отправляет свой десант на захват того самого торговца оружием, который уже толкнул три боеголовки исламским радикалам. У разведотряда протагониста было такое же задание, но всё закончилось массовыми перестрелками и гибелью Фарука. Вот как раз тогда герой и узнал про три боеголовки, одну из которых американцы забрали себе, а две другие поехали в Нью-Йорк и Париж мстить за угнетённый мусульманский народ.