Протагонист по прозвищу Шрам отправляется вглубь Зоны отчуждения, чтобы найти сталкера Клыка. В игре «S.T.A.L.K.E.R.: Чистое небо», которая является приквелом к вселенной, увеличились выбросы и аномальные события на территории. По словам местных наемников, причиной тому служит проникновение некоторых сталкеров за Выжигатель – особый объект, который по неизвестной причине уничтожает всё живое, пытающееся приблизиться к центру. Сам протагонист уже один раз попал под действие выброса, поэтому его нервная система второго воздействия не вынесет. Ради наживы и интереса он отправляется в погоню за Клыком, который добрался до центра.
Вместе с Клыком в
RPG был ещё один наёмник – Стрелок. Этот парень станет героем Тени Чернобыля, а пока он является антагонистом, который будет бороться со Шрамом. Они вместе останутся заперты в центре Зоны. Где им будут промывать мозги. Теневая организация, известная как монополисты, руководят зомбированием других людей в Зоне Отчуждения и продолжают развивать проблемы на этой территории, причём их цели до сих пор неизвестны. Однако в результате сверхвыброса и промывки мозгов с помощью Выжигателя Стрелок забудет себя самого и начнёт выполнять приказы О-сознания.