Герой игры «God Eater: Resurrection» жил в мирное врем, пока не пришли Арагами – жестокие существа, обладающие огромной силой. Они просто съедают всю живую сущность, ведь именно такова их природа. Ученые смогли добыть образцы ткани этих тварей, чтобы создать оружие, но из-за генетического кода приходится доверять вооружение лишь избранным персонажам. Вот так протагонист стал одним из тех солдат, которые способны управлять своими орудиями, сотканными из клеток этих невероятных существ. Теперь монстры начали мутировать, создавая новые колонии бойцов, и потому они пробивают ограждения физической силой.
Надо при убийстве оппонента вырвать у него из тела Ядро, чтобы доставить его в исследовательский комплекс. Там при помощи новых технологий создаются особенные военные машины, которые могут дать отпор огромным чудовищам. Внешний мир стал опасен, и потому гражданское население прячется за стенами. Эти огромные ограждения позволяет спокойно пережить бойню, происходящую в любой точке планеты. Выход на охоту для главного героя - это проблема, ведь он не знает, сможет ли вернуться домой, или станет едой для монстров. Но приходится оглядываться на беззащитных сограждан, которые надеются на солдат, и верят в то, что их дети смогут жить спокойно в будущем.