Третий эшелон был элитным отрядом национальной безопасности США, однако теперь в игре «Tom Clancy’s Splinter Cell: Blacklist» он расформирован. А тут появились террористы, называющие себя «инженерами», которые решили угрожать всей Америке своим черным списком. Ноги у этой организации растут прямо с Ближнего Востока, где сейчас бушует война благодаря верховной капиталистической державе. В общем, США вынуждены пожинать последствия собственных действий, и потому они создают новый отряд Четвертый эшелон во главе с Сэмом Фишером, которому дали карт-бланш на руки.
У него есть пятая свобода, позволяющая любыми методами защищать первые четыре свободы, однако у нас в геймплее предусмотрен только один способ сохранения мира в Северной Америке – это убийство врагов. Убивать придется быстро, не колеблясь, причем, герой может и дальше продолжать вести скрытные атаки, или же набрать стволов и побежать вперед, расстреливая всех впереди себя. Также надо остановить инженеров, потому что они не просто убивают богачей и влиятельных людей, а делают это с целью запугать местное население, что вызовет панику, от которой будут проблемы.