Дезмонда Майлса начинают мучить в игре «Assassin's Creed 2» люди из корпорации Абстерго, которая является потомком тамплиеров. Используя Анимус, они хотят узнать о местоположении Эдемского яблока, с помощью которого под Ватиканом может быть открыта гробница бога. Таким образом, они используют героя для своих целей, но вскоре появляется член братства ассасинов, который спасает его и вместе с остальными убийцами отправляет в другое убежище. Там с помощью улучшенной версии Анимуса Дезмонд будет проходить тренировки при помощи эффекта просачивания, когда человек, долго пребывающий в генетической памяти, получает те же способности, что и его предок.
В общем, теперь уже речь пойдет об Эцио Аудиторе, который своими глазами видел казнь отца и братьев. Решив забрать сестру и мать подальше отсюда, Эцио стал настоящим мужчиной, взрослым и могущественным, и при этом он стал мстить своим врагам, которые и предали его семью. На всем его пути ему оказывали помощь ассасины, а потом он узнал, что является пророком, которому суждено войти в гробницу того самого бога, используя два артефакта. Одним из них будет посох, другим же станет то самое Яблоко, из-за которого тамплиеры перерыли весь Кипр и Венецию.