Игра «Assassin’s Creed III» рассказывает о событиях, которые происходили до самой ожидаемой даты двадцать первого столетия – 21 декабря 2012 года. Согласно разным прогнозам мистиков и шарлатанов, именно в этот день должно произойти незабываемое событие, которое ознаменует себя как конец человеческой цивилизации, и герой должны были предотвратить это событие, используя четыре ключа от старинного замка в Нью-Йорке. Но протагонисту пришлось пустить в воспоминания, заложенные в генетике, чтобы узнать судьбу остальных трёх ненайденных ключей, иначе миру действительно придёт конец.
Поэтому мы видим перед собой первого протагониста, который в детстве потерял своих родителей и в то же время нашёл свою любовь. Он пережил многие потрясения, однако его потом подставили, обвинив в убийстве и отправив в темницу. Там он познакомился с мастером ордена убийц, который рассказал, кто виновен в смерти благородной семьи и прочих беспорядках. Оказалось, что речь идёт о зачистках среди дворян, которые мешают узурпаторам власти. Поэтому этот протагонист отправляется в орден и обучается навыкам, которые после использует ради мести убийце своих родителей, но во время этой операции он теряет свою жену. Далее сюжет предоставляет нам в распоряжение сына предыдущего персонажа, и его история также сложна.