Игра «Phoenix Point» повествует про насилие над инопланетянами и их мутантами с вашей стороны. Прилетели сюда самые незваные в мире гости, и начали распространять свой вирус «Пандора». Конечно, после сильной катастрофы это повлияло на фауну Земли, и протагонист заметил, как даже люди, а не то что животные, начали мутировать скоропостижно. Теперь уже нет надежды спасти всех этих чудовищ, и остается их уничтожать при помощи военного арсенала, который есть у вас. Организация «Проект Феникс» давно существует с целью возрождать человечество из пепла, и у вас есть руководствующая должность в нем.
Протагонист столкнется с Последователями Ану, Синедрионом и Новым Иерихоном, и все они отличаются внешней политикой и наградами за сотрудничество. Можно и враждовать с ними, пытаясь объединять маленькие анклавы цивилизации вокруг себя. Но главному герою важнее восстановить всю планету полностью, а потому предстоит работать над вирусом. Отправляя отряды на поиски новых образцов исследования, вы будете рисковать потерять своих бойцов. Но сейчас настали такие времена, что жалеть павших не стоит, ведь инопланетная угроза куда страшнее всех выдумок и гипотез прошлого.