Игра «XCOM: Enemy Within» повествует в жанре стратегии о том, как человечество начало обороняться против инопланетян. Они без предупреждения прилетели на нашу планету и стали атаковать, используя мощные орудия убийства. А люди могли лишь прятаться, поскольку кинетическое оружие не сильно помогает в борьбе с более развитой цивилизацией. Таким образом, все нации объединились и стали вкладывать свои ресурсы в организацию под названием XCOM, занимающуюся изучением инопланетных технологий уже давно. И в итоге мы смогли дать отпор пришельцам, хотя и ненадолго.
Также это дополнение сильно расширяет возможности оригинального дистрибутива, добавляя новые виды вооружения, юнитов и остальные элементы геймплея. Со временем появилась организация EXALT, которая пытается помочь инопланетным захватчикам поработить Землю, Судя по всем, эти предатели добровольно перешли на сторону врага, чтобы шпионить и совершать диверсии против всех людей. Они рассчитывает на то, что после завоевания станут приближенными для противника и будут править миром. Поэтому XCOM просто обязаны разобраться с предателями, чтобы они больше не смогли опозорить честь военного офицера людской расы.