Яиба – ниндзя в игре «YAIBA: Ninja Gaiden Z», который погиб от рук доброго героя Рю Хаябусе, но теперь был воскрешен крупной корпорацией. Дело в том, что этот протагонист со злыми намерениями обладает уникальными навыками убийцы, позволяющими ему беспрепятственно уничтожать толпы людей, обученных боевому искусству. А сейчас Токио и другие мегаполисы наполнились зомби, потому что один неаккуратный ученый сделал просчет в формулах, и вместо управляемого вируса сотворил ужасную вакцину, отнимающую рассудок у населения и вынуждающую людей идти на страшные поступки.
Теперь же Яиба начинает свое кровавое шествие по трупам поверженных врагов, чтобы постепенно добраться до Рю, на убийство которого корпорация вообще готова закрыть глаза. Мир сейчас меняется, и чтобы спасти свои деньги и влияние приходится идти на скверные поступки, при этом используя бывшего наемного убийцу в качестве собственного воина, получившего кибернетические имплантаты. Протагонист не понимает больше, зачем он живет, и все эти события. Связанные с воскрешением и улучшением его тела не затронули душу. Видимо у парня больше нет духовной составляющей, и лишь рассудок и желание отомстить является главным фактором, заставляющим героя истреблять зомби.