Игра «Новый Человек Паук» имеет очень поучительный и проработанный сюжет, который повествует не только про приключения героя, но и о том, как ученый по имени Алистер Смайт начал разработку вируса для проведения опытов над людьми и животными. В корпорации Оскорп сотрудники тайно проводят эксперименты, вводя часть ДНК и других важных веществ из зверей в человека и наоборот, при этом надеясь получить управляемый результат. Гвен и Питер как раз догадались об этом, и потому решили навестить тайком лаборатории, где и встретились с Алистером, а он им во всем признался.
Однако во время присутствия идеального гибрида, коим является герой, все остальные подопытные озверели и вырвались наружу, заражая своим вирусом простых людей. Также в лабораториях была система безопасности в лице роботов с мощным вооружением, и вместо того, чтобы продолжать погоню за сбежавшими прототипами они набрасываются на Питера, потому что он тоже является мутантом. Паркер выскакивает на улицу в костюме, и после попыток остановить хаос идет в психиатрическую больницу, где освобождает бывшего Ящера – доктора Коннорса, которого просит остановить безумие, создав свой антидот.